La SEM tiene como principales objetivos: fomentar la microbiología básica y aplicada, cultivar las relaciones internacionales, reunir a los distintos profesionales que trabajaban en esa ciencia, y contribuir a la difusión de la ciencia en general, y de la microbiología en especial, entre la ciudadanía. Es una sociedad interdisciplinar, que tiene unos 1700 socios que trabajan en los distintos campos de la microbiología.