中国科学院海岸带研究所现有海岸带环境过程与生态修复研究室、海岸带信息集成与综合管理研究室、海岸带生物学与资源利用研究室，拥有中国科学院牟平海岸带环境综合试验站、中国科学院黄河三角洲滨海湿地生态试验站、黄河三角洲盐碱地农田生态系统观测研究站，拥有500吨级“创新一”科学考察船。研究所为中国海洋工程咨询协会海岸科学与工程分会的依托单位。