Franz Schaffner ist in Locarno geboren und in Luzern aufgewachsen. Nach der Matura studierte er Dirigieren, Orgel und Klavier am Konservatorium und an der Akademie für Schul- und Kirchenmusik in Luzern. Anschliessend führten ihn weitere Studien nach Zürich, Basel und Frankfurt, wo er die Konzertausbildung für Dirigieren bei Helmuth Rilling abschloss. Verschiedene Tätigkeiten verbanden ihn als Kirchenmusiker mit Winterthur und Ebikon. Von 1984-88 war er als Korrepetitor und Dirigent am Luzer