Museum Situs Patiayam adalah museum khusus yang memamerkan berbagai peninggalan purbakala yang ditemukan di sekitar Situs Purbakala Patiayam. Pendirian museum diadakan pada tahun 2009. Pembangunannya dilakukan oleh Pemerintah Kabupaten Kudus. Kepemilikan dan pengelolaan museum diserahkan kepada Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Kabupaten Kudus. Koleksi utamanya berupa fosil gajah purba. Sedangkan koleksi lainnya meliputi berbagai fosil fauna