Основне завдання ННЦМІ - підготовка висококваліфікованих фахівців, які здатні реалізувати комплекс системних задач розвитку морської інфраструктури України шляхом впровадження сучасних технологій проектування, методів і моделей управління, підвищення енергетичної еф